Навчальний заклад розпочав свою діяльність у 1988 році. Відповідно до рішення виконавчого комітету Славутської Ради народних депутатів від 6 липня 1988 року за № 127 має статус середньої загальноосвітньої школи ІІІ ступенів. З дня державної реєстрації є юридичною особою, що має печатку і штамп. Засновником школи є міська рада, яка здійснює фінансування, матеріально-технічне забезпечення закладу.
Першим директором школи була призначена Вишнякова Адель Миколаївна.
У 1992 році школу очолив Олександр Роюк. У цей час гуртується педагогічний колектив, міцніють традиції, школа стає лідером інтелектуальних змагань. На початок 1994-1995 року у школі навчалося 2 500 учнів.
Із квітня 1995 року до вересня 2002 року директором школи, а згодом ліцею була Марія Моцик.
У вересні 2003 року директором школи знову стає Олександр Роюк.
Із 28.10 2021 року директором ліцею є Надія Конончук.
01.09.1996 року Нетішинська середня школа № 3 Хмельницької області перейменована в Середню загальноосвітню школу №3 І-ІІІ ступенів міста Нетішина Хмельницької області.
06.04.2001 року рішенням виконавчого комітету Нетішинської міської ради № 110 Середня загальноосвітня школа № 3 І-ІІІ ступенів міста Нетішина Хмельницької області перейменована в Навчально-виховний комплекс «Середня загальноосвітня школа І-ІІ ступенів та ліцей». Утворено бухгалтерію.
26.01.2004 року рішенням виконавчого комітету Нетішинської міської ради № 10 Навчально-виховний комплекс «Середня загальноосвітня школа І-ІІ ступенів та ліцей» перейменована в Нетішинський навчально-виховний комплекс «Загальноосвітня школа І-ІІ ступенів та ліцей» Нетішинської міської ради Хмельницької області.
Нетішинський НВК у 2006 році став лауреатом конкурсу «100 найкращих шкіл України». У 2007 році схвалено діяльність Нетішинського НВК із апробації та реалізації моделей ОКН і визначено заклад опорною школою із запровадження технології осмислювально-концентрованого навчання у області.
Досягнення освітянського колективу Нетішинського НВК, що трансформує ідеї в конкретну практику, здійснює пошук оптимальних шляхів навчання та виховання, розробку власних наукових проектів, були представлені у збірнику «Флагмани освіти Хмельниччини» (2009 р.), який презентує роботу кращих педагогічних колективів області.
У 2010-2011 році регіональна експертна комісія управління освіти і науки Хмельницької обласної державної адміністрації підтвердила рішення експертної комісії при відділі освіти виконавчого комітету Нетішинської міської ради про атестацію закладу. Нетішинський НВК «Загальноосвітня школа І-ІІ ст. та ліцей», що ствердився як один із кращих загальноосвітніх закладів в освітньому просторі Хмельниччини, атестований з відзнакою.
У 2013 році Нетішинський НВК визнано кращим закладом у області (ІІ місце) за результати участі учнів у обласних та всеукраїнських олімпіадах. У 2013 році лауреатом Хмельницької обласної премії ім. Миколи Дарманського в галузі освіти та науки стала Алла Клочко вчитель історії, переможець обласного конкурсу «Класний керівник 2013 року, переможцями та призерами обласного конкурсу «Учитель року» упродовж 2015-2021 року стають Штогун Наталя, вчитель світової літератури, Скрипнюк Тамара, вчитель французької мови, Смичок Ірина, вчитель хімії, Онойко Артем, вчитель інформатики,
24.06.2022 року рішенням двадцять четвертої сесії Нетішинської міської ради VIII скликання №24/1471 Нетішинський навчально-виховний комплекс «Загальноосвітня школа І-ІІ ступенів та ліцей» Нетішинської міської ради Хмельницької області перепрофільовано (змінено тип) та перейменовано у Нетішинський ліцей № 3 Нетішинської міської ради Шепетівського району Хмельницької області.
Нетішинський ліцей № 3 знаходиться за адресою : м. Нетішин, пров. Миру, 5, Шепетівського району, Хмельницької області.
Учителями-наставниками, учителями-новаторами можна назвати чи не половину педагогів школи, серед них яскраво вирізняються Юрій Юр’єв, вчитель фізики, який неодноразово підготував переможців обласних, всеукраїнських і міжнародних конкурсів та олімпіад з фізики, науково-технічної творчості; Ірина Шостак, вчитель хімії та екології, яка стала переможцем (ІІІ м.) обласного конкурсу «Вчитель року» у 2015 році та щорічно результативно працює із юними обдарованнями школи-переможцями обласних олімпіад із хімії та екології, загальнонаціональних етапів конкурсу-захисту МАН, ІНТЕЛ-ЕКО; Ірина Ковалінська, Світлана Фабрицька, вчителі української мови та літератури, які упродовж багатьох років є стипендіатами виконавчого комітету Нетішинської міської ради, як педагоги-наставники учнівських наукових проєктів, творчих робіт.
Школа гордиться ветеранами педагогічної ниви, які щоденною працею плекали її імідж: Любов Гасюк, вчитель хімії, яка у 2000 році підготувала переможця Міжнародної олімпіади з хімії; Юрій Чепкасов, вчитель фізичної культури, який любив дітей та бачив у кожному з них особистість, був Художником, Музикантом, Людиною; Тамара Юрчук, заступник директора, вчитель початкових класів, зуміла згуртувати біля себе творчий колектив учителів початкових класів; Людмила Мініч, вчитель початкових класів, педагог, яка плекала дитячі душі та розвивала їх інтелект.
Із 2001 року у школі працює учнівське наукове товариство «Ерудит», яке покликане об’єднувати та розвивати учнів, які прагнуть до самовдосконалення. Протягом цих років «академія» виховала близько 600 юних науковців, шукачів та досліджувачів. Серед її випускників кандидати та доктори наук у медичній та гуманітарних галузях, висококваліфіковані спеціалісти атомної енергетики, керівники державних та приватних структур.
Заклад має наукове спрямування, постійно лідирує у місті як школа, що готує переможців міських, обласних та всеукраїнських олімпіад, конкурсів, МАН. Здобувачі освіти неодноразово брали участь в екологічних змаганнях, працювали в галузях наукових досліджень та винахідництва, як-от: Міжнародний конкурс International Science and Engineering Fair, Всеукраїнський конкурс ІНТЕЛ-ЕКО, ІНТЕЛ-ТЕХНО, Міжнародна олімпіада Геніїв.
Стипендіатами Президента України ставали Статкевич Роман, Суханевич Роман, Яцук Сергій, Карпова Анна, Поліщук Вадим, випускники щколи.
Педагоги постійно вдосконалюють професійні навички, беручи участь у різноманітних проектах, як-то: Lions Quest «Соціальні та емоційні компетенції ХХІ століття», STEAM – школа, Всеукраїнські проєкти «Вивчай та розрізняй», «Я-дослідник», «Світ чекає крилатих».
Ніяких архітектурних змін з початку експлуатації приміщення не відбулося, щороку проводиться поточний ремонт.
У 2020 розпочато реконструкцію спортивного майданчика, який знаходиться на території школи. Проєктом передбачено влаштування на території шкільного стадіону бігових доріжок, майданчика для гри в баскетбол, гімнастичного майданчика із тренажерами. У зв’язку із воєнними вторгненням російського агресора реконструкція призупинена.